Vistosi rifacimenti sono attribuiti ad età tardo augustea, cioè all’inizio del I secolo d.C.
A questa fase corrispondono gli ambienti (F’, E’, D’, C’, B’, A’, Z e V) a monte dell’area del peristilio U; si tratta di una zona intima e riservata della casa, chiusa rispetto a quella pubblica della facciata principale sul mare. Quest’area privata era comunicante con le terme, a nord, e dalla parte opposta con il giardino.
In quest’epoca vengono ampliate le strutture sul mare con la creazione del padiglione C”. La decorazione musiva delle nuove stanze mostra un’adesione a modelli iconografici più tipici dell’Italia settentrionale, molto diffusi in area locale, con prevalenza di disegni geometrici in nero su fondo bianco in cui si inseriscono pelte, nodi di Salomone, stelle di rombi e di quadrati. Le soglie e le cornici sono decorate inoltre da elementi vegetali.
Furono trovati frammenti dell’intonaco parietale delle sale – particolarmente sul lato est del peristilio – che mostravano due strati dipinti successivi: la stabilitura primitiva era a vivaci colori con rami e foglie su fondo rosso, azzurro, giallo o bianco che fregiavano la parte superiore delle pareti. Queste presentavano inferiormente uno zoccolo a tinta uniforme, o venata, scompartita in riquadri a imitazione del marmo (quasi ovunque di colore rosso; giallo in G, F, A” e nei corridoi). Lo strato superiore, attribuibile alla terza fase edilizia, era ormai irriconoscibile.
Vari restauri – anche nei pavimenti musivi della fase precedente, allora ancora in uso – mostrano la volontà di conservazione dell’aspetto originario della villa da parte dei nuovi proprietari, che forse appartennero alla famiglia dei Tullii Crispini, ben attestata a Tergeste in età augustea.